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Dividir uma string separada por vírgulas no Oracle não está funcionando


O problema em sua consulta é que a cláusula where será aplicada apenas ao nível 1 e não mais.

Tente isso usando a tabela aninhada:
WITH xtable AS (
         SELECT 1 ID, '116,117,169,170,173,175,9015,44008,44367,44446,45081,45083,46779,47161,47222' AGT FROM DUAL
         UNION ALL
         SELECT 2 ID, '456,789' AGT FROM DUAL
         UNION ALL
         SELECT 3 ID, '116,117,169,170,173,175,9015,44008,44367,44446,45081,45083,46779,47161' AGT FROM DUAL
     )      
  select regexp_substr(x.AGT,'[^,]+', 1, t.column_value) agt
  from xtable x cross join table(
    cast(
      multiset(
        select level
        from dual
        connect by level <= regexp_count(x.AGT,',') + 1
      )as sys.odcinumberlist
    )
  ) t
  where x.id = 3;

É uma consulta de propósito geral que você pode usar mesmo sem cláusula where se quiser converter todas elas de uma vez.

No Oracle 12c+, você pode usar OUTER APPLY para obter o mesmo efeito e sintaxe mais simples:
WITH xtable AS (
         SELECT 1 ID, '116,117,169,170,173,175,9015,44008,44367,44446,45081,45083,46779,47161,47222' AGT FROM DUAL
         UNION ALL
         SELECT 2 ID, '456,789' AGT FROM DUAL
         UNION ALL
         SELECT 3 ID, '116,117,169,170,173,175,9015,44008,44367,44446,45081,45083,46779,47161' AGT FROM DUAL
     )      
  select regexp_substr(x.AGT,'[^,]+', 1, t.n) agt
  from xtable x
  outer apply (
        select level n
        from dual
        connect by level <= regexp_count(x.AGT,',') + 1
  ) t
  where x.id = 3;