Se o comprimento do CLOB for pequeno o suficiente ( <
Integer.MAX_VALUE ) você pode fazer o seguinte:clob.getSubString(1, (int) clob.length());
(Basta dar uma olhada em esta pergunta )
EDITAR:
O código que você enviou em sua pergunta deve se tornar:
String sql = "select id, data from mytable";
List< Object[] > results = getEntityManager().createNativeQuery(sql).getResultList();
Map< Long, String > map = new HashMap<>();
Clob clob = (Clob)result[1];
String value = clob.getSubString(1, (int) clob.length());
map.put(((Number) result[0]).longValue(), value);
Observe que o loop em seu código original era absolutamente inútil, então eu o removi.
Verifique também se
result[1] é um java.sql.Clob 
