Falta o grupo por na seleção externa. Todos os não agregados em uma instrução select devem ser listados no grupo por.
SELECT aname, MAX(cruisingrange)
FROM Aircraft
WHERE aid IN(SELECT aid
FROM Certified
WHERE eid in (SELECT eid
FROM Certified
GROUP BY eid
HAVING COUNT(eid) > 3) )
GROUP BY aname
;
Observe que você tem um grupo por na seleção mais interna; mas você parece estar faltando no mais externo.
Também concordo que você quer dizer
in ou equal será que mais de um EID estará em Certified se for necessário in vs = 
