Algum motivo para você não atualizar para o apex 5.0 ou pelo menos 4.2? Os componentes "Carregamento de dados" foram adicionados na versão 4.1 e oferecem uma maneira rápida de desenvolver esse requisito exato. 4.0 já é antigo e não é mais suportado.

Carregar um xlsx ou xls é muito, muito diferente de carregar um CSV. Mais uma vez, eu pergunto, por que não atualizar. Existem plugins disponíveis que processam arquivos do Excel para coleções, até XLSX. Novamente, porém, sua versão apex é muito baixa. Você está dando um tiro no pé dela e. Não que não haja opções de codificação disponíveis, mas ainda assim.

Se você ainda não deseja atualizar por algum motivo arbitrário, concentre-se talvez em arquivos xlsx. Eles são essencialmente arquivos zip com um monte de arquivos. Escrevi um blog sobre isso em 2012. http://tpetrus.blogspot.be/2012/09/a-non-standard-export-to-excel-2010-xlsx.html

Ainda é relevante e só estou vinculando porque contém todas as entranhas do código. Não é infalível e tem limites. Provavelmente há outras maneiras também. Menos para 4.0.