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O Tomcat não consegue encontrar o gdk_custom.jar, o Oracle não consegue criá-lo?


Não precisamos criar gdk_custom.jar .

Tudo o que precisamos é impedir que o Tomcat o procure. Desde o Tomcat 8.0.38 ele está verificando por padrão . Devemos desligar a varredura. Assim, você não verá muitos avisos excessivos e o lançamento do servidor será mais rápido.

adicione a seguinte linha em tomcat/conf/context.xml :
<Context>
  ...
  <JarScanner scanManifest="false"/>
</Context>