Aparentemente, os parâmetros National Language Support ou NLS tinham algo a ver com isso. O Oracle SQL Developer os definiu como "Holandês", configuração padrão com base na sua localidade, enquanto o SQuirreL o definiu como BINARY. Essa diferença fez com que o otimizador utilizasse caminhos diferentes para resolver a consulta. Para usar o parâmetro NLS_SORT correto na sessão jdbc, o seguinte comando precisa ser usado:
ALTER SESSION SET NLS_SORT=BINARY
Em seguida, os índices corretos serão usados na consulta.