$ 0,02 mais ... Copiar dados do SQL Developer sempre foi limpo para mim. (@thatjeffsmith está correto; é o comportamento da área de transferência)
Quando copio para o Excel, às vezes a formatação padrão na planilha de destino afeta a aparência resultante dos dados. Se você eventualmente exportar essa planilha (salvar como ... e selecionar CSV, por exemplo), terá outra transformação dos dados.