OT:sua consulta SQL provavelmente está errada. Deveria ser:
select * from mytable
where (custId, custLetters, product)
in ( (0, 'A', 'Cheese'),
(1, 'B', 'lemons'),
(2, 'C', 'Aubergine'));
Não estou usando se o Hibernate pode gerar tal consulta. Mas
in é apenas um açúcar de sintaxe para conjunções e disjunções. 
