A quantidade de atualizações nos logs de refazer e desfazer não será reduzida se você dividir o UPDATE em várias execuções de, digamos, 1.000 registros. Além disso, o tempo total de consulta provavelmente será maior em comparação com a execução de um único SQL grande.

Não há uma maneira real de resolver o problema de log UNDO/REDO em UPDATEs. Com INSERTs e CREATE TABLEs, você pode usar uma opção DIRECT, também conhecida como APPEND, mas acho que isso não funciona facilmente para você.