Você está tentando enviar arquivos ftp de uma caixa Linux para Windows? Os arquivos de texto têm conteúdo em inglês? Parece que há uma incompatibilidade de conjunto de caracteres.

A versão antiga de servidores/clientes de ftp suportava apenas o modo ASCII e foi atualizada posteriormente para funcionar com UTF-8. Portanto, tente atualizar a versão do cliente de ftp.