Você já tentou o seguinte:
CURRENT_TIMESTAMP [ (precisão) ]
select current_timestamp(3) from dual; CURRENT_TIMESTAMP(3) ----------------------------- 10-JUL-04 19.11.12.686 +01:00
Para fazer isso no SQLLDR, você precisará usar EXPRESSION no arquivo CTL para que o SQLLDR saiba tratar a chamada como SQL.
Substituir:
LAST_UPDATED SYSTIMESTAMP
com:
LAST_UPDATED EXPRESSION "current_timestamp(3)"