Conforme documentado em "Arquivos de configuração de domínio" em Compreendendo a configuração do domínio , os diretórios que você está procurando são:

Você encontrará os servers diretório em seu domain_name diretório, mas não posso dizer onde este está localizado na sua máquina (você está usando o workshop ou o quê?).

O Oracle Weblogic Workshop deve ter um .apt_src diretório de construção. Tente excluir manualmente os arquivos neste diretório (esta é uma operação segura). Eu não tenho 100% de certeza de que JSPs compilados vão lá.