Execute a instrução sql via JDBC com ligação CLOB

Parece-me que você precisa usar um bloco PL/SQL para fazer o que deseja. O seguinte funciona para mim, supondo que haja uma entrada com id 1:

import oracle.jdbc.OracleDriver;
import java.sql.*;
import java.io.ByteArrayInputStream;

public class JDBCTest {

    // How much test data to generate.
    public static final int SIZE = 8192;

    public static void main(String[] args) throws Exception {

        // Generate some test data.
        byte[] data = new byte[SIZE];
        for (int i = 0; i < SIZE; ++i) {
            data[i] = (byte) (64 + (i % 32));
        }

        ByteArrayInputStream stream = new ByteArrayInputStream(data);

        DriverManager.registerDriver(new OracleDriver());
        Connection c = DriverManager.getConnection(
            "jdbc:oracle:thin:@some_database", "user", "password");

        String sql =
            "DECLARE\n" +
            "  l_line    CLOB;\n" +
            "BEGIN\n" +
            "  l_line := ?;\n" +
            "  UPDATE table SET log = log || l_line || CHR(10) WHERE id = ?;\n" +
            "END;\n";

        PreparedStatement stmt = c.prepareStatement(sql);
        stmt.setAsciiStream(1, stream, SIZE);
        stmt.setInt(2, 1);
        stmt.execute();
        stmt.close();

        c.commit();

        c.close();
    }
}