Você teria que especificá-lo manualmente a partir do código de configuração fluente ...
modelBuilder.Entity<User>()
.HasMany(x => x.Roles)
.WithMany(x => x.Users)
.Map(x => x.ToTable("UserRole", "SIGNUM"));
modelBuilder.Entity<User>()
.HasMany(x => x.Roles)
.WithMany(x => x.Users)
.Map(x => x.ToTable("UserRole", "SIGNUM"));