Respondendo sua pergunta simplificada:

Dada uma hierarquia como você descreveu, se eu descobrisse que alguns níveis na hierarquia eram opcionais, eu questionaria se uma hierarquia realmente mapeava bem para o meu domínio. Eu consideraria desenhar minhas relações de forma diferente, ou redefinir as entidades em meu esquema.

Eu não acho que uma resposta mais detalhada para a pergunta geral seja possível em um espaço curto como este, já que descobrir a melhor representação de um domínio é a) difícil eb) muito específico para o domínio em particular.