Qual é a relação S/N ?Os registros são atualizados para que eles passem de S/N e/ou N/Y ?Se sim, isso acontece regularmente (por exemplo, em estoque/fora de estoque/em estoque/out- de estoque) ou como único (não processado/processado) ?

Se as entradas estiverem misturadas e você tiver uma proporção uniforme, é improvável que um índice ajude.

Você pode usar o particionamento (se você tiver a licença) para dividir Y de N. Visualizações materializadas ou tornar a tabela uma visão UNION ALL em duas tabelas (talvez com gatilhos INSTEAD OF) pode dividir Y de N também. Tudo isso incorrerá em uma penalidade para atualizar o processamento.

Um índice de bitmap pode ser apropriado se a coluna não receber muita atividade de atualização.

Você poderia ter um índice baseado em função em CASE WHEN flag ='Y' e depois 'Y' end. Isso excluiria N valores do índice, tornando-o muito menor.