Eu enfrentei muitos problemas usando XMLType de java, consertei esse problema de uma maneira bem simples.

Mudei o tipo de dados de entrada do lado do banco de dados oracle, de XMLtype para CLOB, depois passo facilmente CLOB e na primeira linha no procedimento armazenado; Eu construí um XMLType de CLOB.

CLOB é muito simples em java, basta usá-lo como String (statement.setString(1, string); )