Normalmente os problemas do arquivo msb não encontrado são resultado de um problema de configuração do ambiente, mas no seu caso estou um pouco desconfiado da instalação (nunca usei o método apt-get + configure).

Para verificar a sanidade da instalação:

• ORACLE_HOME deve ser definido para um caminho de diretório um nível acima do bin diretório onde sqlplus executável foi encontrado.
• Deve haver algum .msb arquivos em $ORACLE_HOME/sqlplus/mesg
• Deve haver centenas (não tenho certeza do número com XE) de .msb arquivos em $ORACLE_HOME (tente find $ORACLE_HOME -name "*.msb" -print para mostrá-los)
• Seu PATH deve incluir $ORACLE_HOME/bin .
• Todos os arquivos em ORACLE_HOME deve ser de propriedade de user:oracle group:dba .