Seu professor deve falar com Gordon Linoff, que é professor de ciência da computação na Universidade de Columbia. Gordon, e a maioria dos entusiastas do SQL neste site, quase sempre lhe dirão para usar a sintaxe de junção explícita. As razões para isso são muitas, incluindo (mas não se limitando a):

• As junções explícitas facilitam a visualização da lógica de junção real. Junções implícitas, por outro lado, ofuscam a lógica de junção, espalhando-a em ambos os campos FROM e WHERE cláusulas.
• O padrão ANSI 92 recomenda o uso de junções explícitas modernas e, de fato, preteriu a junção implícita que seu professor parece estar enviando

Em relação ao desempenho, até onde eu sei, ambas as versões da consulta que você escreveu seriam otimizadas para a mesma coisa nos bastidores. Você sempre pode verificar os planos de execução de ambos, mas duvido que você veja uma diferença significativa com muita frequência.