Obter consulta do arquivo no SPRING BOOT usando @Query

Se você precisar carregar o SQL da pasta de recursos, tente a biblioteca spring-data-sqlfile. Ele suporta o carregamento de consultas SQL de recursos. Então você só precisa colocar suas consultas SQL na pasta de recursos e então você pode referenciá-las na anotação SqlFromResource:

@Repository
public interface UserRepository extends JpaRepository<User, Integer> {
    @SqlFromResource(path = "select_user_by_id.sql")
    User findById(int userId);
}

A saída será como:

@Repository
public interface UserRepositoryGenerated extends JpaRepository<User, Integer> {    
  @Query(
      value = "SELECT *     FROM users     WHERE id = :userId",
      nativeQuery = true
  )
  User findById(int userId);
}