Como você pode esperar, existem alguns plugins do Eclipse que podem fazer isso. Clay é o meu favorito. Ele funciona rapidamente e com pouco barulho.
Não há nenhum benefício real em relação ao MS Visio Pro, exceto pelo custo (gratuito). Ambos produzem um arquivo em formato próprio, e o melhor que você pode fazer para compartilhar com quem não tem a ferramenta é algum tipo de exportação para uma imagem. Então não é o ideal.