Abra o arquivo .edmx com o editor XML e procure a seção que começa com a seguinte linha:
<!-- SSDL content -->
Abaixo deve estar uma tag EntityType e nela está uma definição da tabela do banco de dados. Certifique-se de que a propriedade da coluna de ID tenha StoreGeneratedPattern="Identity" iniciar.
Abaixo desta seção SSDL está uma seção CSDL que parece semelhante, mas define o objeto C# que representa essa entidade. O designer visual parece preencher apenas o StoreGeneratedPattern nesta seção, mas não a seção SSDL.
EDITAR COM AMOSTRA
Aqui está um arquivo EDMX de amostra para uma entidade Employee, com nada além de uma propriedade ID, FirstName e LastName. O ID é o campo que você deseja que seja gerado automaticamente pelo banco de dados. Observe que há dois locais diferentes onde StoreGeneratedPattern é necessário.
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<edmx:Edmx Version="2.0" xmlns:edmx="http://schemas.microsoft.com/ado/2008/10/edmx">
<!-- EF Runtime content -->
<edmx:Runtime>
<!-- SSDL content -->
<edmx:StorageModels>
<Schema Namespace="Store" Alias="Self" Provider="Oracle.DataAccess.Client" ProviderManifestToken="10g"
xmlns:store="http://schemas.microsoft.com/ado/2007/12/edm/EntityStoreSchemaGenerator"
xmlns="http://schemas.microsoft.com/ado/2009/02/edm/ssdl">
<EntityContainer Name="StoreContainer">
<EntitySet Name="EMPLOYEE" EntityType="Store.EMPLOYEE" store:Type="Tables" Schema="TESTSPACE" />
</EntityContainer>
<EntityType Name="EMPLOYEE">
<Key>
<PropertyRef Name="ID" />
</Key>
<!-- The below property requires StoreGeneratedPattern="Identity" -->
<Property Name="ID" Type="number" StoreGeneratedPattern="Identity" Nullable="false" Precision="10" />
<Property Name="FIRST_NAME" Type="varchar2" MaxLength="255" />
<Property Name="LAST_NAME" Type="varchar2" MaxLength="255" />
</EntityType>
</Schema>
</edmx:StorageModels>
<!-- CSDL content -->
<edmx:ConceptualModels>
<Schema xmlns="http://schemas.microsoft.com/ado/2008/09/edm"
xmlns:cg="http://schemas.microsoft.com/ado/2006/04/codegeneration"
xmlns:store="http://schemas.microsoft.com/ado/2007/12/edm/EntityStoreSchemaGenerator" Namespace="Model" Alias="Self"
xmlns:annotation="http://schemas.microsoft.com/ado/2009/02/edm/annotation">
<EntityContainer Name="ModelContainer" annotation:LazyLoadingEnabled="true">
<EntitySet Name="Employees1" EntityType="Model.Employee" />
</EntityContainer>
<EntityType Name="Employee">
<Key>
<PropertyRef Name="ID" />
</Key>
<!-- The below property requires StoreGeneratedPattern="Identity" -->
<Property Type="Int32" Name="ID" Nullable="false" annotation:StoreGeneratedPattern="Identity" />
<Property Type="String" Name="FirstName" MaxLength="255" FixedLength="false" Unicode="false" />
<Property Type="String" Name="LastName" MaxLength="255" FixedLength="false" Unicode="false" />
</EntityType>
</Schema>
</edmx:ConceptualModels>
<!-- C-S mapping content -->
<edmx:Mappings>
<Mapping Space="C-S" xmlns="http://schemas.microsoft.com/ado/2008/09/mapping/cs">
<EntityContainerMapping StorageEntityContainer="StoreContainer" CdmEntityContainer="ModelContainer">
<EntitySetMapping Name="Employees1">
<EntityTypeMapping TypeName="Model.Employee">
<MappingFragment StoreEntitySet="EMPLOYEE">
<ScalarProperty Name="LastName" ColumnName="LAST_NAME" />
<ScalarProperty Name="FirstName" ColumnName="FIRST_NAME" />
<ScalarProperty Name="ID" ColumnName="ID" />
</MappingFragment>
</EntityTypeMapping>
</EntitySetMapping>
</EntityContainerMapping>
</Mapping>
</edmx:Mappings>
</edmx:Runtime>
<!-- EF Designer content (DO NOT EDIT MANUALLY BELOW HERE) -->
<edmx:Designer xmlns="http://schemas.microsoft.com/ado/2008/10/edmx">
<edmx:Connection>
<DesignerInfoPropertySet>
<DesignerProperty Name="MetadataArtifactProcessing" Value="EmbedInOutputAssembly" />
</DesignerInfoPropertySet>
</edmx:Connection>
<edmx:Options>
<DesignerInfoPropertySet>
<DesignerProperty Name="ValidateOnBuild" Value="true" />
<DesignerProperty Name="EnablePluralization" Value="True" />
<DesignerProperty Name="IncludeForeignKeysInModel" Value="True" />
</DesignerInfoPropertySet>
</edmx:Options>
<!-- Diagram content (shape and connector positions) -->
<edmx:Diagrams>
<Diagram Name="Model">
<EntityTypeShape EntityType="Model.Employee" Width="1.5" PointX="0.75" PointY="0.75"
Height="1.4279589843749996" />
</Diagram>
</edmx:Diagrams>
</edmx:Designer>
</edmx:Edmx>