Como você executa o SQL de dentro de um script bash?

Estou um pouco confuso. Você deve poder chamar sqlplus de dentro do script bash. Isso pode ser o que você estava fazendo com sua primeira declaração

Tente executar o seguinte no seu script bash:

#!/bin/bash          
echo Start Executing SQL commands
sqlplus <user>/<password> @file-with-sql-1.sql
sqlplus <user>/<password> @file-with-sql-2.sql

Se você quiser passar dados para seus scripts, poderá fazê-lo via SQLPlus passando argumentos para o script:

Conteúdo de arquivo com sql-1.sql

 select * from users where username='&1';

Em seguida, altere o script bash para chamar sqlplus passando o valor

#!/bin/bash

MY_USER=bob
sqlplus <user>/<password> @file-with-sql-1.sql $MY_USER