Chegamos ao fundo disso no final.

Foi nosso uso de colunas nvarchar(max) que estava impedindo a replicação de usar lotes. O que costumava levar 3 horas agora leva 50 segundos apenas alterando o tipo de dados.

Aqui está a lição aprendida:"nvarchar (max) é um assassino de replicação"

Obrigado