Eu suspeito que você se deparou com o mesmo problema que eu. Corrigi todos os meus pacotes por meio da API para que todos indicassem que eram DTS:ProtectionLevel="0" que está desprotegido.

O arquivo de projeto (.dtproj) também tem um nível de proteção que é definido como DontSaveSensitive. <SSIS:Project SSIS:ProtectionLevel="DontSaveSensitive" xmlns:SSIS="www.microsoft.com/SqlServer/SSIS">

A incompatibilidade para mim foi que, dentro do arquivo do projeto, ele rastreia muitas informações sobre cada pacote; portanto, se você rolar para baixo, verá uma entrada por pacote como <SSIS:Property SSIS:Name="ProtectionLevel">3</SSIS:Property> ou qualquer que seja o número padrão. Faça com que 0 no arquivo (pesquisar e substituir). Salve o arquivo de projeto e agora ele será compilado.

Talvez seja necessário executar um Build All para que ele seja compilado. Suspeito que o VS/SSDT esteja tentando usar os dados extras que armazena no arquivo .dtproj para determinar se precisa validar todos os pacotes em um projeto. Como editamos o arquivo à mão, ele não disparou qualquer sensor que normalmente seria invertido para sinalizar que uma recompilação completa era necessária.