Não deve haver problemas ao usar bancos de dados com agrupamentos diferentes em um servidor. Um de nossos fornecedores externos também fornece um banco de dados com agrupamento diferente e isso funciona sem problemas desde o SQL Server 2000. No entanto, você terá que especificar explicitamente o agrupamento (ou usar collation database_default quando você deseja unir tabelas de diferentes bancos de dados. Pela minha própria experiência, isso pode ter um grande impacto no desempenho. Você também precisa ter cuidado ao usar SELECT INTO ao criar uma nova tabela, pois isso pode resultar em agrupamento misto em um banco de dados ou tabela.