Eu tive um problema muito semelhante (LCID diferente) e levei semanas para resolvê-lo, mas espero que seja o mesmo problema que você tenha e ajude para outros usuários.

Então, de alguma forma, algo ficou mal instalado no SQL Server, a conta de serviço configurada para executar o SQL Server Service não possui todas as permissões necessárias.

Eu rastreei esse problema para um procedimento muito específico, tente executar no SSISDB o procedimento [catalog].[check_schema_version] e você deve estar recebendo a mesma mensagem de erro que está recebendo.

Se a execução do procedimento der o mesmo erro, a alma será a mesma. Basicamente, você precisa alterar a conta que está executando o SQL Server Service (não o Integration Services) para ser um administrador local e alterar a localidade no RegEdit dessa conta de administrador local para ser a que você deseja.

PARA fazer isso, faça o seguinte:

• 
  Execute no prompt de comando o seguinte para obter o SID:
  
  wmic useraccount onde name='Administrator' get sid (Substitua
  Administrador por sua conta de administrador local)
  
• 
  Vá para RegEdit -> HKEY_USERS -> [SID Local Admin] -> Painel de Controle -> Internacional e altere as chaves "Locale" e "LocaleName" para a
  região desejada,(no meu caso foi Locale 00000409, LocaleName pt -NÓS)
  
• 
  Abra o Windows Services, procure o SQL SERVER (MSSQLSERVER) e
  altere a conta em execução para ser seu administrador local
  
• 
  Reinicie o serviço
  

Deve ser isso. Eu descobri tudo isso graças à combinação dessas 2 páginas:

https://www.facebook.com/allaboutssis/posts/329497130467714

https://social.msdn.microsoft.com/Forums/sqlserver/en-US/9f409937-772a-41bd-8270-7804fdd5b94e/failure -in-deploying-ssis-project-from-ssdt-to-sqlserver-2014?forum=sqlintegrationservices&prof=required