Se os dois bancos de dados estiverem no mesmo servidor, você poderá criar uma instrução SQL mais ou menos assim:
UPDATE Test1.dbo.Employee
SET DeptID = emp2.DeptID
FROM Test2.dbo.Employee as 'emp2'
WHERE
Test1.dbo.Employee.EmployeeID = emp2.EmployeeID
Pela sua postagem, não entendi se você deseja atualizar
Test1.dbo.Employee
com os valores de Test2.dbo.Employee
(é isso que minha consulta faz) ou o contrário (já que você menciona o db em Test1
foi a nova mesa......)