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Arquivando dados entre servidores vinculados - problema de transação


Você já tentou configurar XACT_ABORT para no início do seu script? 
SET XACT_ABORT ON

Não relacionado, mas o loop não pode ser escrito como:
-- Continue looping while rows exist
WHILE EXISTS (SELECT 1 FROM [LINKEDSERVER].MasterDatabase.dbo.Logging WITH(NOLOCK) 
              WHERE [Date] < @ArchiveDate)

Ou melhor ainda, reescreva para que você não atinja a tabela vinculada duas vezes por iteração de loop.