Como editar minha função php existente e adicionar outra verificação?

Use um LEFT JOIN com o PREMIUM tabela em sua consulta que verifica o tempo de transferência. Em seguida, use uma correspondência nessa tabela para condicionar o tempo com o qual você compara.

$num_rows = $db->doQuery('
    SELECT Class, Race, Strong, Sta, Dex, Intel, Cha, Points, TransferTime
    FROM USERDATA u
    LEFT JOIN PREMIUM p ON p.strAccountID = u.strUserId
    WHERE strUserId = ?
      AND (TransferTime < IF(p.strAccountId IS NULL,
                             DATEADD(DAY,-2,GETDATE()),
                             DATE_SUB(NOW(), INTERVAL 12 HOUR)))
           OR TransferTime IS NULL)
      AND zone<>199 and authority<>255', $character);