Eu suspeito fortemente que você está olhando para o depurador. Isso mostrará o formulário com escape, mas as aspas não estarão na string se não deveriam estar.

Eu sugiro que você registre a string de alguma forma - então você verá os dados reais, e meu palpite é que ela não conterá as barras invertidas - supondo que você não tenha escrito nenhuma barra invertida no StringWriter começar com. Como você está gravando os dados no StringWriter ? É possível que seus problemas sejam mais a montante? (Se você estiver escrevendo o XML manualmente , recomendo fortemente que você use uma API XML. É muito menos propenso a erros.)

Qual erro você está recebendo ao tentar ler o XML de volta? Como fica no banco de dados?

Posso garantir que o problema não estará em StringWriter ou StringBuilder - eles não realizam nenhuma fuga.

Em outra nota, há algum motivo pelo qual você está chamando GetStringBuilder().ToString() em vez de apenas ToString() ?