Você pode usar os seguintes procedimentos armazenados do sistema:

sp_start_job - iniciar um trabalho de agente
sp_stop_job - interromper um trabalho de agente
sp_update_job - habilitar/desabilitar um trabalho de agente


Atualização: Se você realmente quiser usar o SMO, o melhor lugar para verificar é esta referência do MSDN . A classe Job permite que você faça tudo isso.