Depende do que você deseja realizar. Você deseja armazenar os arquivos excluídos em algum lugar? Registrar as alterações? Um SQL Job deve ter um desempenho melhor, pois é executado diretamente no banco de dados, mas é mais fácil fornecer a um serviço acesso a recursos fora do banco de dados. Então depende do que você quer fazer,,,