Não se preocupe em separar os dados do sistema e do usuário. Não acrescenta nada. Na vida real, ou seu MDF está lá ou não está. Não há muitos tons de cinza.

Quanto à divisão, eu não me incomodaria com vários grupos de arquivos até um ou mais de:

• Estou chegando ao tamanho de terabyte
• Carga muito alta
• Mais de uma mesa grande (não apenas uma mesa grande)
• Talvez índices separados com base em tabelas de carga/tamanho/grandes

E somente se eu puder ter LUNs ou matrizes RAID separadas para cada arquivo. Caso contrário, é inútil porque você está dividindo um recurso finito entre mais arquivos

Resumo:para a maioria dos bancos de dados, não vale a pena