A maneira correta de fazer seu ORDERing é adicionar uma cláusula ORDER BY à sua seleção mais externa. Qualquer outra coisa depende de detalhes de implementação que podem mudar a qualquer momento (incluindo se o tamanho do seu banco de dados/tabelas aumentar, o que pode permitir que ocorra mais processamento paralelo).
Se você precisar de algo conveniente para permitir que o pedido ocorra, consulte o Exemplo D nos exemplos do página MSDN em COM :
WITH DirectReports(ManagerID, EmployeeID, Title, EmployeeLevel) AS
(
SELECT ManagerID, EmployeeID, Title, 0 AS EmployeeLevel
FROM dbo.MyEmployees
WHERE ManagerID IS NULL
UNION ALL
SELECT e.ManagerID, e.EmployeeID, e.Title, EmployeeLevel + 1
FROM dbo.MyEmployees AS e
INNER JOIN DirectReports AS d
ON e.ManagerID = d.EmployeeID
)
Adicione algo semelhante à coluna EmployeeLevel do seu CTE e tudo deve funcionar.