Para um esquema simples, você pode simplesmente chamar dataContext.CreateDatabase() - no entanto, seria ambicioso esperar que isso lidasse com tudo. Eu suspeito que você pode ter que aceitar a perda e (infelizmente) aprender sobre o valor dos backups.
Consulte MSDN para obter mais informações sobre CreateDatabase:
http://msdn.microsoft.com /en-us/library/system.data.linq.datacontext.createdatabase.aspx