Como faço para obter o registro com Max (data) e, em seguida, comparar os valores para obter o resultado

Este é um processo de 3 etapas, primeiro classifique seus registros para cada combinação de conta/medidor usando ROW_NUMBER()

SELECT *,
      RowNumber = ROW_NUMBER() OVER(PARTITION BY AccountNumber, MeterNumber 
                                    ORDER BY EndDate DESC)
FROM Meter

SAÍDA

AccountNumber	MeterNumber	Data de início	EndDate	RateCode	RowNumber
0142628117	123470203	22-04-2020	9999-12-31	ETF0_APR20	1
0142628117	123470203	2019-04-10	2020-04-09	*Personalizado*	2
0142628117	123470205	22-04-2020	9999-12-31	ETF0_APR20	1
0142628117	123470205	2019-04-10	2020-04-09	*Personalizado*	2
1363445	105238304	2018-10-02	2019-08-11	*Personalizado*	1
1363445	105238304	2016-02-25	22-04-2016	*Personalizado*	2
1363445	130359929	2019-08-12	9999-12-31	*Personalizado*	1

_{N.B. Alguns dados encurtados para serem exibidos melhor}

Em seguida, você pode filtrar por RowNumber =1 para obter a data de término mais recente para cada medidor.

Em seguida, você precisa contar as combinações distintas de EndDate/RateCode, você não pode usar COUNT(DISTINCT ...) em uma função em janela, mas você pode emular isso usando DENSE_RANK() :

SELECT *,
        CntDistinct = DENSE_RANK() OVER(PARTITION BY AccountNumber 
                                                ORDER BY EndDate, RateCode) 
                        + DENSE_RANK() OVER(PARTITION BY AccountNumber 
                                            ORDER BY EndDate DESC, RateCode DESC) - 1
FROM (  SELECT *,
                RowNumber = ROW_NUMBER() OVER(PARTITION BY AccountNumber, MeterNumber 
                                                ORDER BY EndDate DESC)
        FROM Meter AS m
    ) AS m
WHERE m.RowNumber = 1;

SAÍDA

AccountNumber	MeterNumber	Data de início	EndDate	RateCode	CntDistinct
0142628117	123470203	22-04-2020	9999-12-31	ETF0_APR20	1
0142628117	123470205	22-04-2020	9999-12-31	ETF0_APR20	1
1363445	130359929	2019-08-12	9999-12-31	*Personalizado*	2
1363445	105238304	2018-10-02	2019-08-11	*Personalizado*	2

_{N.B. Alguns dados encurtados para serem exibidos melhor}

Por fim, coloque tudo isso em uma subconsulta adicional e limite para onde há mais de uma combinação única de EndDate/RateCode:

SELECT AccountNumber, MeterNumber, StartDate, EndDate, RateCode
FROM (  SELECT *,
                CntDistinct = DENSE_RANK() OVER(PARTITION BY AccountNumber 
                                                    ORDER BY EndDate, RateCode) 
                                + DENSE_RANK() OVER(PARTITION BY AccountNumber 
                                                    ORDER BY EndDate DESC, RateCode DESC) - 1
            FROM (  SELECT *,
                            RowNumber = ROW_NUMBER() OVER(PARTITION BY AccountNumber, MeterNumber 
                                                        ORDER BY EndDate DESC)
                    FROM Meter AS m
                ) AS m
            WHERE m.RowNumber = 1
    ) AS m
WHERE m.CntDistinct > 1;

SAÍDA

AccountNumber	MeterNumber	Data de início	EndDate	RateCode
0500000178767001363445	TCA105238304	2018-10-02	2019-08-11	*Personalizado*
0500000178767001363445	TCA130359929	2019-08-12	9999-12-31	*Personalizado*

Exemplo no db<>Fiddle