EDITAR:
--use locale English
select * from sys.dm_fts_parser('"12345,10"',1033,NULL,0)
--use locale Portuguese
select * from sys.dm_fts_parser('"12345,10"',2070,NULL,0)
ATUALIZAÇÃO:Tudo bem, consegui replicar seu cenário e sim, parece ser o comportamento padrão com o SQL Server FTS. No entanto, parece apenas arredondar para o 1/10 mais próximo do número (os 10 centavos mais próximos no seu caso) e NÃO para o número inteiro mais próximo.
Assim, por exemplo; 12345,88 seria retornado em pesquisas para tanto 12345,88 quanto 12345,9 , enquanto 56789,98 apareceria em pesquisas de 56789,98 e 56790. No entanto, um número como 45678,60 permanecerá intacto sem arredondamento para cima ou para baixo, portanto, não é tão ruim quanto você pensa.
Não tenho certeza se há algo que você possa fazer para alterar esse comportamento. Uma rápida pesquisa no Google não retornou nada.