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Esta solução recursiva pode ser escrita em uma consulta T-SQL usando CTE ou OVER?

Total em execução. ATUALIZAR tabela temporária vs CTE

create table Test(
    OrderID int primary key,
    Qty int not null
);



declare @i int = 1;

while @i <= 5000 begin
    insert into Test(OrderID, Qty) values (@i * 2,rand() * 10); 
    set @i = @i + 1;
end;

Solução recursiva leva 9 segundos:
with T AS
(
    select ROW_NUMBER() over(order by OrderID) as rn, * from test
)
,R(Rn, OrderId, Qty, RunningTotal) as
(
    select Rn, OrderID, Qty, Qty
    from t 
    where rn = 1

    union all

    select t.Rn, t.OrderId, t.Qty, p.RunningTotal + t.Qty
    from t t
    join r p on t.rn = p.rn + 1

)
select R.OrderId, R.Qty, R.RunningTotal from r
option(maxrecursion 0);

ATUALIZAR tabela leva 0 segundo:
create function TestRunningTotal()
returns @ReturnTable table(
    OrderId int, Qty int, RunningTotal int
)
as begin

    insert into @ReturnTable(OrderID, Qty, RunningTotal)
    select OrderID, Qty, 0 from Test
    order by OrderID;

    declare @RunningTotal int = 0;

    update @ReturnTable set 
           RunningTotal = @RunningTotal, 
           @RunningTotal = @RunningTotal + Qty;

    return;
end;

Essas duas abordagens podem pelo menos fornecer uma estrutura para construir sua consulta.

BTW no SQL Server, ao contrário do MySQL, a ordem de atribuição de variáveis ​​não importa. Este:
update @ReturnTable set 
    RunningTotal = @RunningTotal, 
    @RunningTotal = @RunningTotal + Qty;

E o seguinte:
update @ReturnTable set 
    @RunningTotal = @RunningTotal + Qty,
    RunningTotal = @RunningTotal; 

Ambos são executados da mesma maneira, ou seja, as atribuições de variáveis ​​acontecem primeiro, independentemente da posição da atribuição de variáveis ​​na instrução. Ambas as consultas têm a mesma saída:
OrderId     Qty         RunningTotal
----------- ----------- ------------
2           4           4
4           8           12
6           4           16
8           5           21
10          3           24
12          8           32
14          2           34
16          9           43
18          1           44
20          2           46
22          0           46
24          2           48
26          6           54

Na sua tabela exata, basta detectar Compra/Venda, você pode multiplicá-lo por 1 e -1 respectivamente, ou apenas assinar os campos, por exemplo, :
update @ReturnTable set 
       @RunningTotal = @RunningTotal + 
                       CASE WHEN BuySell = 'Buy' THEN Qty ELSE -Qty END,
       RunningTotal = @RunningTotal;            

Se você atualizar para o SQL Server 2012, aqui está a implementação direta do total em execução:
select OrderID, Qty, sum(Qty) over(order by OrderID) as RunningTotal
from Test

No seu problema exato:
select OrderID, Qty, 

   sum(CASE WHEN BuySell = 'Buy' THEN Qty ELSE -Qty END) 
   over(order by OrderID) as RunningTotal

from Test;

ATUALIZAÇÃO

Se você se sentir desconfortável com atualização peculiar , você pode colocar uma cláusula de guarda para verificar se a ordem das linhas a serem atualizadas corresponde à ordem original (auxiliada por identity(1,1)):
create function TestRunningTotalGuarded()
returns @ReturnTable table(
    OrderId int, Qty int, 
    RunningTotal int not null, 
    RN int identity(1,1) not null
)
as begin

    insert into @ReturnTable(OrderID, Qty, RunningTotal)
    select OrderID, Qty, 0 from Test
    order by OrderID;

    declare @RunningTotal int = 0;

    declare @RN_check INT = 0;

    update @ReturnTable set 
            @RN_check = @RN_check + 1,
            @RunningTotal = 
                (case when RN = @RN_check then @RunningTotal + Qty else 1/0 end),
            RunningTotal = @RunningTotal;

    return;

end;

Se UPDATE realmente atualizar as linhas em ordem imprevisível (ou por acaso o fará), o @RN_Check não será mais igual a RN (ordem de identidade), o código gerará um erro de divisão por zero então. Usando a cláusula de guarda, a ordem de atualização imprevisível falhará rapidamente ; se isso acontecer, será a hora de registrar um bug petição à Microsoft para tornar a atualização peculiar não tão peculiar :-)

A proteção da cláusula de guarda na operação inerentemente imperativa (atribuição de variável) é realmente sequencial.