Isto é normal. Ele não usará o índice a menos que o predicado seja seletivo o suficiente para garantir isso.
Parece que a grande maioria dos registros não é NULL, então, em vez de encontrá-los por meio do índice não clusterizado, ter que fazer muitas pesquisas de favoritos e E/S aleatórias para recuperar o restante das colunas para retornar, é mais rápido e eficiente para basta verificar todo o índice clusterizado.
Você pode usar
FORCESEEK
para forçar o comportamento que você diz que quer. Você provavelmente descobrirá que o tempo gasto e as estatísticas de E/S aumentam em comparação com a varredura de índice clusterizado. SET STATISTICS IO ON
SELECT * FROM
YourTable WITH (FORCESEEK)
WHERE YourCol IS NOT NULL