JOIN tem uma precedência maior que uma VÍRGULA, então sua segunda instrução é interpretada como (observe os parênteses que adicionei):
select sched.id, max(txn.dttm), acc.id
from PaymentSchedulePeriod sched
,(PaymentSchedulePayment pay
right outer join AccountTransaction txn on pay.accountTransactionFk=txn.id
right outer join Account acc on txn.accountFk=acc.id)
where sched.accountFk=acc.id
group by sched.id, acc.id
Veja também:Regras de precedência JOIN por SQL-99
