Estou no mesmo barco e, graças ao seu início, consegui trabalhar (inserir e ler dados espaciais). Para quem estiver interessado, primeiramente a classe GisSharpBlog.NetTopologySuite.Geometries.Point está em NetTopologySuite.dll que faz parte do download nHibernate.Spatial.
Em segundo lugar, de acordo com o ponto de James, certifique-se de definir o SRID para 4326.
E por último, o mapa precisa ficar assim:
Map(a => a.Location).CustomType(typeof(NHibernate.Spatial.Type.GeometryType));
Estou usando Geography, mas li em algum lugar que usar GeometryType pode funcionar e funciona para mim (inserir alguns pontos e verificar no banco de dados). Eu também li que é melhor escrever SQL Query para Geografia para que você possa usar os métodos especiais do SQL 2008 Spatial (em vez de usar Criteria).
