Use um CTE muitas vezes

Um CTE é basicamente uma visão descartável. Ele persiste apenas por uma única instrução e desaparece automaticamente.

Suas opções incluem:

Redefina o CTE uma segunda vez. Isso é tão simples quanto copiar e colar de WITH... até o final da definição para antes de seu SET .
Coloque seus resultados em um #temp tabela ou uma @table variável
Materialize os resultados em uma tabela real e faça referência a isso
Altere ligeiramente para apenas SELECT COUNT do seu CTE:

SELECT @total = COUNT(*)
FROM Players p 
INNER JOIN Teams t 
    ON p.IdTeam=t.Id 
INNER JOIN Leagues l 
    ON l.Id=t.IdLeague
WHERE example@sqldat.com