São duas chamadas de função diferentes que podem retornar duas vezes diferentes.
Além disso,
GETDATE retorna um datetime tipo de dados que tem precisão de apenas 3-4 ms enquanto SYSDATETIME() retorna um datetime2(7) tipo de dados. Mesmo que ambas as chamadas retornassem exatamente ao mesmo tempo, você poderia ver o problema que está enfrentando devido ao arredondamento.
DECLARE @D1 DATETIME2 = '2012-08-18 10:08:40.0650000'
DECLARE @D2 DATETIME = @D1 /*Rounded to 2012-08-18 10:08:40.067*/
SELECT DATEDIFF(ms, @D1 , @D2) /*Returns 2*/
A outra resposta está incorreta se você substituir em
GETDATE() a função é chamada apenas uma vez, como pode ser demonstrado abaixo. WHILE DATEDIFF(ms, GETDATE() , GETDATE()) = 0
PRINT 'This will not run in an infinite loop'
Ao executar um loop na área de trabalho do Windows XP com
GETDATE() e SYSDATETIME Eu também posso ver resultados que indicam que algo mais pode estar acontecendo também. Talvez chamando uma API diferente. CREATE TABLE #DT2
(
[D1] [DATETIME2](7),
[D2] [DATETIME2](7)
)
GO
INSERT INTO #DT2
VALUES(Getdate(), Sysdatetime())
GO 100
SELECT DISTINCT [D1],
[D2],
Datediff(MS, [D1], [D2]) AS MS
FROM #DT2
DROP TABLE #DT2
Resultados de exemplo abaixo
+-----------------------------+-----------------------------+-----+
| D1 | D2 | MS |
+-----------------------------+-----------------------------+-----+
| 2012-08-18 10:16:03.2500000 | 2012-08-18 10:16:03.2501680 | 0 |
| 2012-08-18 10:16:03.2530000 | 2012-08-18 10:16:03.2501680 | -3 |
| 2012-08-18 10:16:03.2570000 | 2012-08-18 10:16:03.2501680 | -7 |
| 2012-08-18 10:16:03.2600000 | 2012-08-18 10:16:03.2501680 | -10 |
| 2012-08-18 10:16:03.2630000 | 2012-08-18 10:16:03.2501680 | -13 |
| 2012-08-18 10:16:03.2630000 | 2012-08-18 10:16:03.2657914 | 2 |
| 2012-08-18 10:16:03.2670000 | 2012-08-18 10:16:03.2657914 | -2 |
| 2012-08-18 10:16:03.2700000 | 2012-08-18 10:16:03.2657914 | -5 |
| 2012-08-18 10:16:03.2730000 | 2012-08-18 10:16:03.2657914 | -8 |
| 2012-08-18 10:16:03.2770000 | 2012-08-18 10:16:03.2657914 | -12 |
| 2012-08-18 10:16:03.2800000 | 2012-08-18 10:16:03.2814148 | 1 |
+-----------------------------+-----------------------------+-----+
As linhas de interesse são
| 2012-08-18 10:16:03.2600000 | 2012-08-18 10:16:03.2501680 | -10 |
| 2012-08-18 10:16:03.2630000 | 2012-08-18 10:16:03.2501680 | -13 |
Essa discrepância é muito grande para ser um problema de arredondamento e não pode ser apenas um problema de tempo com um atraso entre chamar as duas funções, pois o problema existe em mais de uma linha que
GETDATE relatórios 10:16:03.26X enquanto SYSDATETIME relatórios 10:16:03.250 
