Use Esperas e filas metodologia para investigar o gargalo de desempenho. Você encontrará a causa raiz e, em seguida, podemos aconselhar adequadamente. Muito provavelmente seu aplicativo C# é executado em simultaneidade devido a bloqueios, muito provavelmente mantidos pelo próprio aplicativo. Normalmente, culpa-se as mudanças de plano devido à detecção de parâmetros, como em Lento no aplicativo, rápido no SSMS , mas com instruções DDL isso é improvável.