Não é possível usar o nome de alias na cláusula WHERE, mas pode em ORDER BY

Isso acontece devido à ordem natural de processamento da consulta, que é a seguinte:

FROM
ON
OUTER
WHERE
GROUP BY
CUBE | ROLLUP
HAVING
SELECT
DISTINCT
ORDER BY
TOP

Você está atribuindo seu alias em SELECT declaração. Como você pode ver WHERE é processado antes de SELECT e ORDER BY vem depois disso. Essa é a razão. Agora, quais são as soluções alternativas:

Subconsultas. Mas eles podem ser difíceis de ler.
CROSS APPLY . Isso deve embelezar seu código um pouco e é o método recomendado.

CROSS APPLY atribuirá um alias antes de WHERE declaração, tornando-a utilizável nela.

SELECT [Hotel Id]
    , latitude
    , longitude
    , establishmentname
    , Distance
FROM [dbo].[RPT_hotels]
CROSS APPLY (
    SELECT 6371 * ACos(Cos(RADIANS(Latitude)) * Cos(RADIANS('50.017466977673905')) * Cos(RADIANS('24.69924272460935') - RADIANS(Longitude)) + Sin(RADIANS(Latitude)) * Sin(RADIANS('50.017466977673905')))
    ) AS T(Distance)
WHERE distance < 30
ORDER BY Distance;

Se você quiser saber mais. Leia esta pergunta: Qual é a ordem de execução para esta instrução SQL