Para começar, você não pode fazer isso:
having rid!=MAX(rid)
A cláusula HAVING só pode conter coisas que são atributos dos grupos agregados.
Além disso,
1, 2, 3 não é válido em GROUP BY no SQL Server - acho que só é válido em ORDER BY. Você pode explicar por que isso não é o que você está procurando:
select
LEFT(SUBSTRING(batchinfo.datapath, PATINDEX('%[0-9][0-9][0-9]%', batchinfo.datapath), 8000), PATINDEX('%[^0-9]%', SUBSTRING(batchinfo.datapath, PATINDEX('%[0-9][0-9][0-9]%', batchinfo.datapath), 8000))-1),
qvalues.name,
qvalues.compound,
MAX(qvalues.rid)
from batchinfo join qvalues on batchinfo.rowid=qvalues.rowid
where LEN(datapath)>4
group by LEFT(SUBSTRING(batchinfo.datapath, PATINDEX('%[0-9][0-9][0-9]%', batchinfo.datapath), 8000), PATINDEX('%[^0-9]%', SUBSTRING(batchinfo.datapath, PATINDEX('%[0-9][0-9][0-9]%', batchinfo.datapath), 8000))-1),
qvalues.name,
qvalues.compound
