Então, acabei de ter um problema muito semelhante e consegui resolver fazendo o seguinte.
Seguindo a documentação do SQL Alchemy, descobri que poderia usar a minha string de conexão pyodbc assim:
# Python 2.x
import urllib
params = urllib.quote_plus("DRIVER={SQL Server Native Client 10.0};SERVER=dagger;DATABASE=test;UID=user;PWD=password")
engine = create_engine("mssql+pyodbc:///?odbc_connect=%s" % params)
# Python 3.x
import urllib
params = urllib.parse.quote_plus("DRIVER={SQL Server Native Client 10.0};SERVER=dagger;DATABASE=test;UID=user;PWD=password")
engine = create_engine("mssql+pyodbc:///?odbc_connect=%s" % params)
# using the above logic I just did the following
params = urllib.parse.quote_plus('DRIVER={SQL Server};SERVER=HARRISONS-THINK;DATABASE=LendApp;Trusted_Connection=yes;')
app.config['SQLALCHEMY_DATABASE_URI'] = "mssql+pyodbc:///?odbc_connect=%s" % params
Isso causou um erro adicional porque eu também estava usando o Flask-Migrate e aparentemente não gosta de % no URI de conexão. Então pesquisei mais e encontrei este post. Em seguida, alterei a seguinte linha no meu
./migrations/env.py
Arquivo A partir de:
from flask import current_app
config.set_main_option('sqlalchemy.url',
current_app.config.get('SQLALCHEMY_DATABASE_URI'))
Para:
from flask import current_app
db_url_escaped = current_app.config.get('SQLALCHEMY_DATABASE_URI').replace('%', '%%')
config.set_main_option('sqlalchemy.url', db_url_escaped)
Depois de fazer tudo isso consegui fazer minhas migrações e tudo parece estar funcionando corretamente agora.