Você não pode fazer referência a um alias fora de SELECT e ORDER BY devido à maneira como uma consulta é analisada. A solução típica é enterrá-lo em uma tabela derivada:
SELECT
FirstName, LastName, Other,
Flag = CASE WHEN Other IS NOT NULL THEN 1 ELSE 0 END
FROM
(
SELECT FirstName, LastName,
CASE WHEN LastName = 'Jones'
THEN 'N/A'
END AS Other
FROM dbo.table_name
) AS x;