Esse problema foi corrigido no SSMS 16.5 build 13.0.16000.28 com a adição de uma opção para preservar CR/LF ao copiar/salvar (mais detalhes) (bug de conexão).
- Ferramentas> Opções
- Expandir Resultados da consulta> SQL Server> Resultados para grade
- Marque Reter CR/LF ao copiar ou salvar
- Reiniciar o SSMS
Isso fará com que
CR , LF e CRLF para serem tratados como novas linhas quando você copia uma célula. 
